製麴室就是整個酒藏的心臟。

同樣作為釀造酒，人們可能本能的認為清酒與葡萄酒更接近一些。但是，說到釀造過程，與清酒最接近的應該是啤酒。用來釀造清酒與啤酒的最主要原料都是澱粉，而葡萄酒則是葡萄中的糖分——葡萄糖。叫做「酵母」的微生物將葡萄糖轉化為酒精，這就是發酵。但酵母卻無法直接消化澱粉，所以在清酒和啤酒的釀造中，第一步就是將澱粉轉化為酵母可以消化利用的葡萄糖。

在清酒中，起著這種關鍵轉化作用的就是麴，日語發音Koji。在業界，自古就有「一麴，二酒母，三釀造」的說法，麴的製作品質很大程度上影響著酒的風味和品質。所以真澄的米麴都是完全手工製作。製麴的房間叫做麴室（Kojimuro），牆壁是由厚厚的杉木建成，有效阻隔了雜菌的侵入。室內溫度保持在28度，濕度也一樣被嚴格控制管理。在這樣的環境中，經過兩晝夜近50個小時，米麴才能做好。

第一天

在真澄每天都會有20%的蒸米被用來做成米麴。

在第一天下午，酒麴菌繁殖生成的熱量使米黏在一起，成為一團。這時就需要用手把米塊柔散，使熱量均勻的散發出來。

第二天

第二天早上，米麴的溫度繼續上升。現在要把米麴從原來的「床」上移動到一個叫做「棚」的地方。酒麴菌繁殖的速度越來越快，溫度也越來越高。需要每隔一段時間就把米麴鋪開，通過擴大表面積來給米麴降溫。這項工作大約要進行到晚上7點。

第三天

在第三天早上，把做好的米麴從溫暖的麴室搬運到外面。薄薄的鋪開，並在上面畫出漩渦狀的波紋，為的是增加表面積，促進散熱，以停止酒麴菌的繁殖。
至此，製麴的全部工序結束。做好了的麴等待著被加入發酵罐中。